במהלך מלחמת חומת ברזל, העמותה התגייסה לפרויקט של הכשרת מקסימום מקלטים בבתים משותפים במספר ערים בצפון הארץ, למצב שבו הדיירים יוכלו לשהות בהם בצורה סבירה למשך מספר שעות, במקרה של התקפת טילים על האזור.
האחריות שעמותת ״שתלתם ניגונים״ לקחה על עצמה היא לנהל ולהוביל את המבצע בכל אחת מהרשויות שנמסרה לנו על ידי מנהלת הפרויקט.
העמותה קבלה על עצמה לנהל את הפרויקט במספר ערים: טירת הכרמל, קרית אתא, עפולה (חלקי), קרית ביאליק, קרית מוצקין, בית שאן.
בכל הערים הללו סקרנו כ 1500 מקלטים. מתוכם חלקם היו פתוחים ובמצב תקין וחלק ניכר היו סגורים או במצב שדורש פינוי/ תיקוני חשמל ו/או אינסטלציה וכיו״ב. בסה״כ הבאנו לידי שימוש למעלה מ 200 מקלטים.
כפי שעולה מהדברים שנשמעו ממנהלי הפרויקט, הנוכחות של מתנדבי שתלתם ניגונים, עם יכולות הניהול והבקרה של כולנו השפיעה באופן דרמטי על הצלחת הפרויקט ועל קצב ההתקדמות המהיר עד להשלמת הפרויקט.